工場から出たもやしの根・殻（残さ）は、処理施設へ運ばれ、スクリュープレスでさらに水分を搾り取ります。その後、家畜の飼料として、飼料工場や酪農家で使用されます。

工場で使用された水は「水処理施設」に送られます。有機物を含んだ水分は、沈殿槽できれいな水と汚泥に分けられ、優れた畑の肥料として活かされます。